《口袋妖怪红宝石》是一款融合角色扮演与策略元素的经典宝可梦游戏。玩家将化身初出茅庐的训练师，踏上充满奇遇与挑战的冒险旅程。在广阔的世界中完成各类任务、与各地训练师对战、捕捉并培养属于自己的宝可梦队伍，最终目标是击败八大道馆馆主与联盟四大天王，登顶成为新一代冠军！
游戏开始时可选择主角性别。下车后先上楼调整游戏内时钟，随后前往邻居家拜访。继续前行会遭遇被野生宝可梦追赶的博士，此时需从地上的背包中挑选初始精灵进行战斗。战斗结束后，博士会带你回家，并赠送关键道具开启正式冒险。
前往下一座城镇，在商店前与一位阿姨对话即可获得提升HP的道具。途中会首次遭遇竞争对手并展开对战，获胜后返回精灵中心，在门口再次与对手相遇。之后与家中母亲对话，解锁奔跑功能，此前无法通行的道路也将随之开放。
抵达新城市后准备挑战道馆，却意外发现馆主竟是主角的父亲。正当两人交谈之际，反派组织成员突然闯入并引发冲突。离开城市穿越森林继续旅程，途中反派成员再度现身。经过长途跋涉抵达下一个城镇，即可挑战第二座道馆。
离开道馆时，目击反派成员从研究所冲出。随后前往附近山洞，成功解救被抢走宝可梦的老人，作为答谢获得重要道具，并被引荐给研究所所长。所长将赠送具备地图查看与宝可梦状态查询功能的导航器。返回港口搭乘船只前往岛屿，击败格斗系道馆馆主后习得闪光技能。
乘船抵达海滨城市，发现水族馆被反派组织封锁。与工厂老板交谈后解除封锁，支付门票即可进入水族馆。击退再次闯入的反派成员后，获得关键零件，此前被封锁的道路也将重新开放。
在自行车店免费获得自行车，商店右侧房屋内可习得碎石技能。挑战道馆前需先击败两名守关训练师。穿越山脉途中，会目睹两大敌对组织成员正在对峙。使用碎石技能打通山洞后，可获得怪力技能。
乘坐缆车时见证两大组织激烈争斗，解决事件后获得新道具。前往老人村挑战道馆，在洞穴中使用怪力推动岩石，取得火之石。随后返回父亲所在的城市挑战其道馆，集齐五枚徽章后即可习得冲浪技能。
使用冲浪穿越海域，在高塔中再次击败反派组织，获赠一只25级的强力宝可梦。过桥战胜对手后解锁飞行技能。来到新城市，发现道馆被障碍物阻挡，但在桥上获得喷雾器后即可顺利挑战。
穿越122号道路的小岛，成功解救被反派围困的老夫妇。返回海滨城市时发现潜水艇被盗，追踪线索抵达海底秘密基地。挑战第七座超能力系道馆后，获得潜水技能。在深海区域使用潜水，可发现反派隐藏基地，并遭遇传说中的宝可梦。
传说宝可梦引发异常天气后逃往火山洞窟，深入洞窟将其成功收服，世界天气随即恢复正常。最后一座冰系道馆需滑行通过全部冰面才能抵达。获得第八枚徽章后，攀瀑技能可在野外自由使用。
穿越艰险的冠军之路，依次挑战联盟四大天王。成功通关后，将获得特殊船票，开启通往两个全新区域的后续冒险篇章。
